การแพ้ถุงยางอนามัย เกิดได้ แต่ไม่บ่อยนัก (ราว 7 %) อาจเกิดจากการแพ้โปรตีนในตัวยางธรรมชาติ หรือสารที่ผสมเพื่อผลิตยางธรรมชาติ หรือแพ้สารเคมีที่นำมาเคลือบถุงยางก็ได้ อาการแพ้ก็เหมือนการแพ้แบบสัมผัสทั่วๆไป คือมีผื่น คัน ระคายเคือง เป็นได้ทั้งชายและหญิง

กรณีที่แพ้ตัวยางธรรมชาติ ก็มีถุงยางอื่นให้เลือก เป็นถุงยางพลาสติก คือไม่ได้ทำจากยางธรรมชาติ แต่ทำจาก Polyurethane (โพลียูรีเธน)

คำแนะนำการใช้ถุงยางอนามัยสำหรับผู้ที่มีอาการแพ้

1. สังเกตอาการดูว่าแพ้จริงหรือไม่ มีอาการอย่างไร รุนแรงแค่ไหน อยากทราบอาการที่เกิดขึ้นที่คิดว่าแพ้

2.หลังมีเพศสัมพันธ์โดยใช้ถุงยางอนามัย ให้รีบทำการชำระล้างทำความสะอาดอวัยวะเพศภายนอกด้วยสบู่ และภายใน ( สำหรับหญิง ) ด้วยน้ำสะอาดทันที อย่าปล่อยทิ้งไว้นาน

3.หากมั่นใจว่าแพ้ ควรลองเปลี่ยนไปใช้ถุงยางอนามัยชนิดอื่น ๆ อีก 2 ถึง 3 ชนิด แต่หากมีอาการแพ้ที่รุนแรงถึงขั้นมีตุ่มน้ำบวม หรือมีแผลพุพองเกิดขึ้นไม่แนะนำให้ใช้ต่อ

4.ถ้าเป็นมากให้ผู้ป่วยปรึกษาแพทย์ที่รักษา เพื่อใช้ยารับประทานและยาทาภายนอกบรรเทาอาคารแพ้คัน